Для определения победителя выборы пришлось проводить в два тура. На первом в лидеры вышел действующий мэр города Михаил Савченко, его поддержал 31 % из числа пришедших голосовать. За Сергея Субботина проголосовало тогда только 24 % жителей Мурманска. Тем самым почти половина голосов распределилась между другими кандидатами, которые заявили о своем нейтралитете во втором туре по отношению к двум основным претендентам на кресло мэра.
В итоге выборы вылились в прямое противостояние команды губернатора Мурманской области Юрия Евдокимова, сделавшего ставку на своего заместителя С. Субботина, и партии «Единая Россия», выбравшей своим кандидатом М. Савченко.
Вопрос об антипартийном поведении губернатора, также являющегося членом «Единой России», но решившего пренебречь партийными установками ради поддержки своего кандидата, стал главной интригой выборов.
«Единороссы» всю силу своего партийно-административного ресурса задействовали в войне с мятежным губернатором. Как водится в таких случаях, федеральные СМИ получили из соответствующих запасников мощный объем компромата на Евдокимова, который выплеснули на головы мурманчан. Были организованы «подметные» письма общественных объединений против губернатора и его кандидата, задействованы и все другие «убедительные доказательства» коррумпированности областных властей под водительством Евдокимова. Но, судя по результатам выборов, с «чернухой» явно переборщили. Да и губернаторская команда не сидела сложа руки, умело используя противоречия и слабости позиции своих противников.
В Мурманске, видимо, сработал принцип «наших бьют», и большинство горожан, не искушенных в политических играх, встало на защиту «своих». Когда в России сталкиваются в схватке местные административные ресурсы, все сразу задирают голову вверх: а что думают в Кремле? А там явно озадачены. Евдокимова не успели спровадить с поста с первой группой уволенных в отставку губернаторов. Убрать его сейчас — значит абсолютно наплевать на волеизъявление почти 65 тысяч мурманчан, проголосовавших за С. Субботина (М. Савченко поддержало во втором туре 37,5 тыс. человек). Оставить все как есть — значит признать полное поражение правящей партии в борьбе с местным ресурсом. Да еще закрыть глаза на партийную фронду губернатора. Прецедент для других коллег Евдокимова создавать опасно.
Руководители двух фракций Госдумы Николай Левичев («Справедливая Россия») и Игорь Лебедев (ЛДПР) уже публично заявили о том, что отмена результатов выборов мэра Мурманска и отставка Юрия Евдокимова будут серьезной ошибкой.