Необходимость в модернизации железнодорожной системы области назрела давно. Самое перегруженное направление — участок между Вологдой и Череповцом. Одна из причин — рост перевозок в порты Ленинградской области и Мурманск. По оценке экспертов, в ближайшие годы нагрузка на этот железнодорожный участок может возрасти на 25–30 %.
Судя по производству целлюлозной и бумажной продукции, развитие машиностроения, углубленной переработки металла и производства новых компонентов для малоэтажного строительства в рамках создания особой экономической зоны в Шексне открывают благоприятные перспективы.
Наиболее трудным «местом» остается Вологодский железнодорожный узел. Город разделен железнодорожными путями, по существу, на три части. Значительный грузопоток проходит прямо через центр областной столицы, что, в свою очередь, создает дополнительные проблемы для проезда автомобильного и общественного транспорта.
Для оптимизации движения пассажирских и грузовых поездов, проходящих через станцию транзитом, железнодорожники реконструируют два приемоотправочных пути, построят новую пассажирскую платформу для приема поездов, прибывающих с западного направления.
Кроме того, в  нынеш­нем
году будет переустро­ена северная горловина станции с одновременной реконструкцией подъездных путей городских предприятий-грузоотправителей.
Работы по реконструкции узла вели в 2008 году. В перспективе — строительство третьего главного пути на перегоне Вологда-1 — Вологда-2, для чего уже в  2009 году будут проведены работы по отсыпке земляного полотна и построен еще один мостовой переход. Все строительные работы предварительно планировали завершить в 2009 году.
От своих обещаний железнодорожники не отказываются, но коррективы в планы могут внести - финансовый кризис заставляет экономить всех. Общая стоимость заявленного проекта - около 700 млн рублей.
Однако реконструкция позволит увеличить на 30% пропускную способность перегона Вологда-1 – Вологда-2, — самого узкого на сегодня места Вологодского железнодорожного узла.
Средства ОАО «РЖД» намеревалось выделить на развитие ряда станций, в первую очередь Вологды и Череповца. Кроме того, более 100 млн руб. вкладывают в развитие пассажирского комплекса, прежде всего — в строительство железнодорожных вокзалов. Значительные средства выделены также на реализацию программ повышения безопасности движения, внедрения ресурсосберегающих технологий, обновление подвижного состава, в совершенствование системы железнодорожной автоматики и усиление связи